Σε μία εκκοκκιστική μονάδα οι λειτουργικές εργασίες που πραγματοποιούνται είναι η παραλαβή σύσπορου βάμβακος, η καταχώρηση παραστατικών αγορών, η καταχώρηση των παραστατικών πώλησης, ο έλεγχος των αποθεμάτων, η παραγωγή εκκοκκισμένου βάμβακος και συμπαράγωγων. Κάθε παραγωγός σύσπορου βάμβακος μεταφέρει το φορτίο του στο εκκοκκιστήριο όπου γίνεται η παραλαβή. Το φορτίο του παραγωγού ζυγίζεται και μεταφέρεται στην αποθήκη του εκκοκκιστηρίου.
Το σύσπορο βαμβάκι που είναι στην αποθήκη του εκκοκκιστηρίου μεταφέρεται στην μονάδα παραγωγής για να γίνει ο διαχωρισμός του καθαρού με το σύσπορο. Τα δέματα μπορούν να διαχωρίζονται με βάση τα ποιοτικά χαρακτηριστικά του και να γίνεται επιλεκτική στοίβαξη. Ταυτόχρονα μπορούν να πραγματοποιούνται αγορές-πωλήσεις και για λοιπά αγροτικά προϊόντα.